Huỳnh Minh Chắc là người đã trực tiếp tham khảo một số cán bộ ở Trung ương, đề xuất với Thường trực, Ban Thường vụ Tỉnh ủy về việc tiếp nhận ông Trịnh Xuân Thanh về làm Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh tại Hậu Giang.[3] Ủy ban Kiểm tra Trung ương sau kỳ họp thứ 8 diễn ra từ ngày 28/11 đến ngày 30/11/2016 tại Hà Nội, tuyên bố thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với ông Huỳnh Minh Chắc vì đã vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, quy trình, quy định về công tác cán bộ và Quy chế làm việc của Ban Chấp hành Đảng bộ Tỉnh trong việc đề nghị, tiếp nhận Trịnh Xuân Thanh từ Bộ Công thương về tỉnh Hậu Giang để giữ chức Phó Chủ tịch UBND tỉnh và tham gia Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh.[4]